A ministra Laurita Vaz, relatora, acolheu algumas propostas de alteração do voto, para melhor definição do alcance do deslocamento. Entre as principais, está a alteração da Seção Judiciária a que seria atribuída a competência. Inicialmente, a relatora propôs que a competência se deslocasse para a Justiça Federal de Pernambuco, mas prevaleceu o entendimento de que o caso deveria ser processado pela Justiça Federal competente para o local do fato principal, isto é, o homicídio de Manoel Mattos.
Outros casos conexos também ficarão a cargo da Justiça Federal, mas a Seção não acolheu o pedido da PGR de que outras investigações, abstratamente vinculadas, também fossem deslocadas para as instituições federais.
A relatora também acolheu proposta de modificação para que informações sobre condutas irregularidades de autoridades locais sejam comunicadas as corregedorias de cada órgão, em vez de para os Conselhos Nacionais do Ministério Público (CNMP) e da Justiça (CNJ).
Com os ajustes, acompanharam a relatora os ministros Napoleão Maia Filho, Og Fernandes e o desembargador convocado Haroldo Rodrigues. Votaram contra o deslocamento o ministro Jorge Mussi e os desembargadores convocados Celso Limongi e Honildo de Mello Castro. A ministra Maria Thereza de Assis Moura presidiu o julgamento, e só votaria em caso de empate. O ministro Gilson Dipp ocupava o cargo de corregedor Nacional de Justiça à época e não participou do início do julgamento.
Esta foi a segunda vez que o STJ analisou pedido de deslocamento de competência, possibilidade criada pela Emenda Constitucional nº 45/2004 (reforma do Judiciário), para hipóteses de grave violação de direitos humanos. O IDC 1 tratou do caso da missionária Dorothy Stang, assassinada no Pará, em 2005. Naquela ocasião, o pedido de deslocamento foi negado pelo STJ.
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